Referandumun ardından JNA ve silahlandırdığı paramiliter Sırp gruplar, Bosna Hersek'in farklı şehirlerinde saldırılar başlattı. Aliya, tüm Bosnalıları bu saldırılara karşı koymaya çağırıyor, bağımsızlık yanlıları Aliya'nın liderliğinde çetin bir mücadele veriyordu.

Sırp paramiliter gruplar, kadın ve çocuklar dahil sivillere yönelik büyük katliamlar yapıyordu. İnsanlar evlerinden sürülüyor, kadınlara tecavüz ediliyor, İslam'a ve Müslümanlara dair ne varsa yok ediliyor, toplama kamplarında sivillere akıl almaz işkenceler yapılıyordu.

Ülkenin bağımsızlığını savunanlar, kuzeyde ve doğuda Sırplara karşı savaşırken, güneyde ve batıda ise Hırvatlarla çetin bir mücadele veriyordu.

Sırp güçleri tarafından 3,5 yıl kuşatma altında tutulan başkent Saraybosna'nın yanı sıra Prijedor, Bijelina, Zvornik, Visegrad, Srebrenitsa, Foça gibi birçok şehirde büyük katliamlar, soykırımlar yaşandı.