3500 yıl öncesine kadar yerli halk Minoanlılar'a ev sahipliği yapmış ve o zamanlar bir daire şeklinde olan Santorini, volkanın patlaması sonrası ortası sular altına gömülünce bugünkü şeklini almış. Bazı arkeologlarca Kayıp Şehir Atlantis'in burası olabileceğini düşünülüyor.